西历2312年，天人和国连军的最终决战之后的4年。建立了地球联邦政府的人类，为了更进一部整合国家和人类的意志而成立了独立治安维持部队“ARROWS”，实际上该组织的目的是借统一之名对反政府组织、主义、思想等的非人道主义的武力镇压，而以成为宇宙技术者为目标的沙慈也被卷进了联邦政府的改革中。另一方面，在4年前的最终决战中幸存下来的刹那·F·清英正凝视着这个曾由天人促进改革的世界，而映在眼帘的却是ARROWS造出的漫溢着武力镇压的所谓“和平”，还有不断被扭曲的现实。他决定再次战斗，与足以改变世界的强大力量——高达。
第二季的故事背景设定在前作的4年后，成长了的刹那·F·清英驾驶新机体OO高达再次出现。究竟出现在新生的“天人”和刹那面前的新战争是……？